台湾现行商标法系採取注册主义及在先申请主义。台湾商标法第二条明定，欲取得商标权、证明标章权、团体标章权或团体商标权者，应依该法申请注册。

申请商标注册，应由申请人备具申请书，载名商标、指定使用之商品或服务及其类别，向商标专责机关申请之。有关商品及服务之分类，为决定商标权范围之重要依据应具明确记载。又申请人得以一商标注册申请案，指定使用于二个以上类别之商品或服务。

台湾商标法第20条即规定，在与台湾有相互承认优先权之国家或世界贸易组织会员，依法申请注册之商标，其申请人于第一次申请日后六个月内，向台湾就该申请同一之部分或全部商品或服务，以相同商标申请注册者，得主张优先权。外国申请人?非世界贸易组织会员之国民且其所属国家与台湾无相互承认优先权者，如于互惠国或世界贸易组织会员领域内，设有住所或营业所者，可以依前项规定主张优先权。

任何第三者都可以于商标公告期之内对正办理注册之商标申请提出异议。异议者需向台湾智慧産权局提交书面反对通知书，指明反对之原因。其后，异议者需提交其反对之理据及证据，幷呈请智慧産权局撤回涉案商标之注册申请。此后，涉案商标申请人可以向智慧産权局提交其商标注册申请应得以保留之理据。智慧産权局收到正反双方之资料后，会就涉案商标之申请作出决定。

已经注册之商标，或者已经过了公告期之申请，都可能会因为第三者之反对而令注册失效或者不能成功注册。申请使注册失效之程序类似反对注册申请之程序。申请时注册商标失效或者反对注册申请之理由一般是因为涉案商标与已在先注册之商标非常相似，或者拟注册之商标只是拟保护之商品或服务之描述。

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