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企业性质的区分
株式会社（股份有限公司）
合同会社（有限责任公司）
支店（分公司）
资本金
1日元以上
无资本金（在税法等层面，日本支店的资本金被视为和外国总公司的资本金相同。）
出资者人数
1名以上
不适用
对出资者的称呼
股东
社员
公司的代表
代表董事
代表社员
必须有1名居住在日本的代表者，代表者职称可由公司选任
经营方面
前提是出资者（股东）和经营的“分离§
出资者=经营者
执行外国总公司的决策部门所定业务，决策由外国总公司作出。
最高决定机关
股东大会
全体社员的同意
根据外国总公司而定
对于公司债权人，出资者/母公司的责任
以出资额为限度
经营所发生的债权债务责任最终直接归属于外国总公司。
出资份额的转让
原则上自由
在章程中也可以规定【股份的转让须要获得董事会的同意】
须要获得全体出资者（社员）的同意
必要的管理层人数
董事人数：
必须选任1名以上（股份转让限制公司）
必须选任3名以上（上市公司）
※根据公司的性质和规模其他必要的管理层也须要选任
没有法定的管理层
原则上，全体社员都是业务执行者，但是在章程中也可以设置与此不同的规定
必须有1名居住在日本的代表者
管理层的法定任期
原则上2年，最长为10年
没有法定的任期
定期股东（社员）大会
原则上需要每年召开
不需要召开
是否公开发行股票（出资份额）
可以
不可以
株式会社和合同会社之间是否可以转换
损益分配
根据出资额进行分配
在章程中规定
针对收益的纳税
针对株式会社的利益及分配给股东的利益进行纳税
针对合同会社的利益及分配给社员的利益进行纳税
仅对国内来源收入征税
注销时是否有解散公告义务
有
无须清算，但须发布公告通知日本代表的离任及支店关闭
注册许可费（登録免许税）
最低15万日元
最低6万日元
（按照资本金的0.7%计算。但是最低限为6万日元）
9万日元
其他税制
对于是株式会社及合同会社，在税法上都属于普通法人，所以税额种类及税率也基本相同。
因支店的资本金会与外国总公司相同，须注意若外国总公司的资本金额较大，会令支店须付较高的法人地方税，若外国总公司的资本金超过1亿日元，则会有额外的外形标准课税，另外亦须注意支店的法人税交际费及寄付金计算方法以及判定消费税的纳税义务都与普通法人不同。支店的税务负担不一定比普通法人低。
关于具体的税制方面，请咨询专业的税务师。
株式会社
优点
1. 信任度高
2. 节税选择广泛
3. 通过所得税和法人税的平衡，可更有效节税
缺点
1. 社会保险费高，雇用员工的成本增加
2. 法人税均等分配，即使亏损也须每年缴纳7万日元
3. 源泉征收所得税的缴纳及各种保险等必要的手续繁多
合同会社
1. 设立费用低
2. 运行成本低
3. 利益分配，经营的自由度高
4. 资金筹集范围广，除发行公司债券外，其他创业融资的审查等，和株式会社相比没有不利之处
5. 与株式会社的税制相同，可以节税
1. 在日本国内知名度较低
2. 存在人为问题，由于在合同会社中全体社员（出资者）都有业务执行权，所以社员之间可能发生意见不统一的情况。
支店
1. 设立费用较低
2. 支店的损益可计算在外国总公司的收益中，如果支店出现亏损，外国总公司可因而节税
3. 虽没有法人资格，不影响以支店名义申请银行帐户及租赁房屋
4. 原则上将支店的收益汇回外国总公司不课税
1. 信任度可能较日本公司低，一些政府补助金不接受支店申请，亦较难透过支店申请签证
2. 必须有一个居住在日本的代表者，此代表者须参与公司决策，不能由代理担任
3. 外国总公司须对支店产生的债务负责
4. 支店成立时须将外国总公司的文件翻译成日文，会产生翻译成本及处理时间
5. 须注意外国总公司的信息有变动时是否会影响到支店的注册信息
6. 支店的账目须与外国总公司合算，支店提交税务申报时须提交外国总公司的财务报表
離岸公司
