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企業性質的區分
株式會社（股份有限公司）
合同會社（有限責任公司）
支店（分公司）
資本金
1日元以上
無資本金（在稅法等層面，日本支店的資本金被視為和外國總公司的資本金相同。）
出資者人數
1名以上
不適用
對出資者的稱呼
股東
社員
公司的代表
代表董事
代表社員
必須有1名居住在日本的代表者，代表者職稱可由公司選任
經營方面
前提是出資者（股東）和經營的「分離」
出資者=經營者
執行外國總公司的決策部門所定業務，決策由外國總公司作出。
最高決定機關
股東大會
全體社員的同意
根據外國總公司而定
對於公司債權人，出資者/母公司的責任
以出資額為限度
經營所發生的債權債務責任最終直接歸屬於外國總公司。
出資份額的轉讓
原則上自由
在章程中也可以規定【股份的轉讓須要獲得董事會的同意】
須要獲得全體出資者（社員）的同意
必要的管理層人數
董事人數：
必須選任1名以上（股份轉讓限制公司）
必須選任3名以上（上市公司）
※根據公司的性質和規模其他必要的管理層也須要選任
沒有法定的管理層
原則上，全體社員都是業務執行者，但是在章程中也可以設置與此不同的規定
必須有1名居住在日本的代表者
管理層的法定任期
原則上2年，最長為10年
沒有法定的任期
定期股東（社員）大會
原則上需要每年召開
不需要召開
是否公開發行股票（出資份額）
可以
不可以
株式會社和合同會社之間是否可以轉換
損益分配
根據出資額進行分配
在章程中規定
針對收益的納稅
針對株式會社的利益及分配給股東的利益進行納稅
針對合同會社的利益及分配給社員的利益進行納稅
僅對國內來源收入徵稅
註銷時是否有解散公告義務
有
無須清算，但須發佈公告通知日本代表的離任及支店關閉
註冊許可費（登録免許稅）
最低15萬日元
最低6萬日元
（按照資本金的0.7%計算。但是最低限為6萬日元）
9萬日元
其他稅制
對於是株式會社及合同會社，在稅法上都屬於普通法人，所以稅額種類及稅率也基本相同。
因支店的資本金會與外國總公司相同，須注意若外國總公司的資本金額較大，會令支店須付較高的法人地方稅，若外國總公司的資本金超過1億日元，則會有額外的外形標準課稅，另外亦須注意支店的法人稅交際費及寄付金計算方法以及判定消費稅的納稅義務都與普通法人不同。支店的稅務負擔不一定比普通法人低。
關於具體的稅制方面，請諮詢專業的稅務師。
株式會社
優點
1. 信任度高
2. 節稅選擇廣泛
3. 通過所得稅和法人稅的平衡，可更有效節稅
缺點
1. 社會保險費高，僱用員工的成本增加
2. 法人稅均等分配，即使虧損也須每年繳納7萬日元
3. 源泉徵收所得稅的繳納及各種保險等必要的手續繁多
合同會社
1. 設立費用低
2. 運行成本低
3. 利益分配，經營的自由度高
4. 資金籌集範圍廣，除發行公司債券外，其他創業融資的審查等，和株式會社相比沒有不利之處
5. 與株式會社的稅制相同，可以節稅
1. 在日本國內知名度較低
2. 存在人為問題，由於在合同會社中全體社員（出資者）都有業務執行權，所以社員之間可能發生意見不統一的情況。
支店
1. 設立費用較低
2. 支店的損益可計算在外國總公司的收益中，如果支店出現虧損，外國總公司可因而節稅
3. 雖沒有法人資格，不影響以支店名義申請銀行帳戶及租賃房屋
4. 原則上將支店的收益匯回外國總公司不課稅
1. 信任度可能較日本公司低，一些政府補助金不接受支店申請，亦較難透過支店申請簽證
2. 必須有一個居住在日本的代表者，此代表者須參與公司決策，不能由代理擔任
3. 外國總公司須對支店產生的債務負責
4. 支店成立時須將外國總公司的文件翻譯成日文，會產生翻譯成本及處理時間
5. 須注意外國總公司的信息有變動時是否會影響到支店的註冊信息
6. 支店的賬目須與外國總公司合算，支店提交稅務申報時須提交外國總公司的財務報表
離岸公司
