對註冊在海南自由貿易港並實質性運營的鼓勵類產業企業，減按15%的稅率征收企業所得稅。 鼓勵類產業企業，是指以海南自由貿易港鼓勵類產業目錄中規定的產業項目為主營業務，且其主營業務收入占企業收入總額60%以上的企業。 實質性運營，是指企業的實際管理機構設在海南自由貿易港，並對企業生產經營、人員、賬務、財產等實施實質性全面管理和控制。對不符合實質性運營的企業，不得享受優惠。 現行海南自由貿易港鼓勵類產業目錄包括《產業結構調整指導目錄（2019年版）》、《鼓勵外商投資產業目錄（2019年版）》和海南自由貿易港新增鼓勵類產業目錄。 對在海南自由貿易港設立的旅遊業、現代服務業、高新技術產業企業新增境外直接投資取得的所得，免征企業所得稅。 新增境外直接投資所得應當符合以下條件： (1)  從境外新設分支機構取得的營業利潤；或從持股比例超過20%（含）的境外子公司分回的，與新增境外直接投資相對應的股息所得。 (2)  被投資國（地區）的企業所得稅法定稅率不低於5%。 對在海南自由貿易港設立的企業，新購置（含自建、自行開發）固定資產或無形資產，單位價值不超過500萬元人民幣（含）的，允許一次性計入當期成本費用在計算應納稅所得額時扣除，不再分年度計算折舊和攤銷；新購置（含自建、自行開發）固定資產或無形資產，單位價值超過500萬元人民幣的，可以縮短折舊、攤銷年限或采取加速折舊、攤銷的方法。前述固定資產，是指除房屋、建築物以外的固定資產。

對在海南自由貿易港工作的高端人才和緊缺人才，其個人所得稅實際稅負超過15%的部分，予以免征。 享受上述優惠政策的所得包括來源於海南自由貿易港的綜合所得（包括工資薪金、勞務報酬、稿酬、特許權使用費四項所得）、經營所得以及經海南省認定的人才補貼性所得。 納稅人在海南省辦理個人所得稅年度匯算清繳時享受上述優惠政策。 對享受上述優惠政策的高端人才和緊缺人才實行清單管理，由海南省、財政部、稅務總局制定具體管理辦法。