根據《倉庫業法》，倉庫業指接受委託，在倉庫內保管受託物品之業務，而擬經營倉庫業之人士，應在國土交通大臣辦理登記，違者將被處以最高1年的拘役或最高1百萬日元的罰款。

許多行業雖涉及收取保管費用保管受託物品之業務，但不屬於倉庫業，例如（包括但不限於）：

1. 保管寵物，例如寵物遺體安置所；
2. 保管電子信息，例如雲端數據庫；
3. 保管證券、貴金屬，例如銀行的出租保險庫；
4. 提供清潔服務後保管衣物、床上用品等，例如洗衣店、乾洗店；
5. 提供維修升級服務後保管汽車或汽車零配件，例如汽車維修店；
6. 保管他人使用中的機動車、自行車等，例如停車場；
7. 保管他人所攜帶物品，例如商場、車站、機場內配置的投幣式保管箱；
8. 將生產、加工的物品轉讓給他人，在轉讓後仍保管該物品時。

一般情況下，日本的倉庫業的登記流程如下所示：

1. 在正式提出倉庫業登記前，投資者應預先確認受託物品的數量、種類、保管方法，並和運輸局確認業務是否屬於倉庫業，諮詢相關行業條件基準。確認後，選擇擬使用倉庫，準備該倉庫的各類證明書、圖紙，確認該倉庫是否符合設施基準。向擬使用倉庫所轄之建築部局，諮詢倉庫的改造、修繕、消防等事宜；
2. 取得並填寫《倉庫業登錄申請書》，收集各類證明文件；
3. 登記資料準備完成後，向地方運輸局或運輸分局提交登記資料；
4. 相關部門審查登記，如登記資料欠缺，則要求登記人補充額外資料；
5. 如審查通過，登記人領取《登錄通知書》；
6. 登記人繳納登錄免許稅，將該稅的繳納憑證提交給運輸局；
7. 制定服務費用，在制定後30天之內完成關於倉庫保管費及裝卸費等費用的備案；
8. 委任倉庫管理主任；
9. 在營業場所內公示服務費用、服務條款、倉庫業的種類等信息。

登記時間取決於倉庫面積。如倉庫面積達10萬㎡，則登記審查權限在國土交通省，則從提交登記資料到登記完成大概需要3個月。如倉庫面積未滿10萬㎡，則登記審查權限在地方運輸局，則從提交登記資料到登記完成大概需要2個月。

倉庫業的登記資料複雜，根據倉庫業的種類而異。以最常見的1類倉庫為例，登記所需的資料如下（包括但不限於）：

1. 《倉庫業登錄申請書》
2. 倉庫明細書
3. 設施設備基準分類附加文件檢查清單（日文「施設設備基準別添付書類チェックリスト」）
4. 土地、建築物的登記簿副本（如購置倉庫）
5. 土地、建築物的租賃合同（如租賃倉庫）
6. 建築確認申請書、建築確認完成證明、結束檢查證明
7. 關於警備狀況的文件（警備合同書副本、警備情況說明書等）
8. 倉庫圖紙之外的文件（地板及牆壁的構造計劃書、平均熱貫流率計算書、消防設備檢查結果報告書等）
9. 倉庫周邊縮略圖（標明主要道路、鐵路、河川、橋樑、停車場等建築物）
10. 倉庫配置圖（比例尺在1：300~1：1200內，標明倉庫、辦公室、值班室、消防栓、外燈、警報器、排水溝、水閥等所的設施設備，以及倉庫用地周邊所有建築物）
11. 倉庫的平面圖、立面圖、斷面圖、剖面圖
12. 建具表（建具，在日語中是門、窗、拉門、隔扇等設備的統稱）
13. 關於倉庫管理主任的資料
14. 法人的登記簿副本
15. 法人役員的宣誓書
16. 倉庫寄託條款
17. 服務費用備案表（在制定倉庫保管費用及裝卸費用等相關費用後30天內提交）

上述資料適用於1類倉庫的倉庫業登記，如是其它類型的倉庫，則可能需要額外的登記資料，詳情可諮詢運輸局或國土交通省。例如經營危險品倉庫，可能需要關於高壓瓦斯安保法等的許可書或備案書；如經營冷藏倉庫，則可能需要食品衛生法規定的其它資料等等。

倉庫業的登記審查非常之嚴格，倉庫是否符合設施基準是登記中最重要的一點，也是最容易出現問題的一點。設施基準根據倉庫類型而異，啓源以1類倉庫為例，簡要介紹設施基準如下表所示：

項目	設施基準	說明
1	使用權限	經營者擁有倉庫及倉庫用地的所有權
2	相關法律	符合建築基準法、消防法、都市計劃法等
3	固定土地	倉庫地址固定，且房頂及四周建造有牆壁等
4	外牆強度	強度不低於2500N/㎡
5	地板強度	強度不低於3900N/㎡
6	防水性能	設施構造及設備可有效防止倉內水浸透
7	防濕性能	採取防濕措施，防止土地中的水分浸透地面或在地面結露
8	隔熱性能	平均熱環流率不高於4.65W/㎡·K
9	耐火性能	倉庫具備耐火防火性能
10	防災措施	具備可有效防止災害發生的構造或設備
11	防火區劃	合理規劃倉庫內辦公室、住宅、小賣部、食堂等有用火需求的設施
12	滅火設備	合理配置有滅火器等滅火工具
13	防範措施	具備可有效防止犯罪的構造或設施
14	防鼠措施	具備可有效防止鼠害的設施

上表所述之設施基準僅為簡要介紹，具體的要求請參照由國土交通省公佈的《關於倉庫業法第3條登記基準等的告示》（日文「倉庫業法第３條の登録の基準等に関する告示」），或諮詢相關政府部門及專業人士。

營業倉庫（指用於經營倉庫業的倉庫）不僅應滿足上述第四點所述設施基準，其用地亦應符合政府國土規劃目的。因此，投資者在選用倉庫，應注意倉庫用地是否屬於准住居地域、近鄰商業地域、商業地域、准工業地域、工業地域或工業專用地域。另外，如倉庫位於市街化調整區域時，投資者應確認在建造該倉庫時，開發商是否持有開發行為許可。

倉庫業的經營者，原則上應在每所倉庫委任1名倉庫管理主任（日文「倉庫管理主任者」）。但是如果在機能上視為一體的多所倉庫，或在同意都道府縣內合計有效面積不大於10,000㎡的多所倉庫，則使用例外規定，即經營者可在針對2所以上的倉庫僅委任1名倉庫管理主任。