日本的公共醫療保險採用了「全國民保險制度」（日文「國民皆保険制度」），規定全體國民都應參加公共醫療保險並支付保險金，以減輕國民相互負擔。如此一來，所有日本國民均可以以低價格享受高度的醫療服務。

1. 公共醫療保險
   
   日本的公共醫療保險採用了「全國民保險制度」（日文「國民皆保険制度」），規定全體國民都應參加公共醫療保險並支付保險金，以減輕國民相互負擔。如此一來，所有日本國民均可以以低價格享受高度的醫療服務。
   
   日本的公共醫療保險並沒有限制使用場合，因此，日本的患者可以根據自身需要選擇合適的醫療機構及醫生接受治療。這項可自由選擇醫療機構及醫生的制度被稱為「free access」（日文「フリーアクセス」），是日本公共醫療保險制度中最大的特徵之一。
   
   公共醫療保險根據參保人的工作方式、年齡等具體分為以下各類（包括但不限於）：
   
   (1) 主要由個人獨資事業者、退休人士、非正式勞動者、無職業者等參加的「國民健康保險」，簡稱為「國保」；
   (2) 主要由中小企業職員參加的「全國健康保險協會掌管健康保險」，簡稱為「協會健保」；
   (3) 主要由大型企業職員參加的「組合掌管健康保險」，簡稱為「組合健保」；
   (4) 主要由國家公務員、地方公務員、部分獨立行政法人的職員、日本郵政集團職員等參加的「共濟組合」；
   (5) 主要由75歲以上高齡人士參加的「後期高齡者醫療制度」。
   
   
2. 民間醫療保險
   
   日本的民間醫療保險多用於填補醫療費用的個人承擔部分、支付住院床位費及交通費等醫療雜費、解決因病休假造成的收入減少問題等等，作為公共醫療保險的補充部分而存在。
   
   與原則上不提供現金補助的公共醫療保險不同，多數民間醫療保險會根據參保人的診斷結果、受傷程度、手術種類、就診次數或住院日數等向參保人發放「探望費」。不僅如此，參保人支付的民間醫療保險在滿足一定條件時，可以作為扣除項目計入所得稅的應稅收入，實現減稅的作用。
   
   日本民間醫療保險業早年被美國資本控制，於2001年與美國談判後實現市場自由，因此民間醫療保險發展時間較短，存在保險業者不良誘導或惡意拖欠保險金等亂象。

根據厚生勞動省的官方資料，截至2020年3月份，國民健康保險的保險業者數量為1,716個，參保人數約2,660萬人；協會健保的保險業者數量為1個（即全國健康保險協會），參保人數約4,044萬人；組合健保的保險業者數量為1,388個，參保人數約2,884萬人；共濟組合的保險業者數量為85個，參保人數約854萬人；後期高齡者醫療制度的保險業者為47個，參保人數約1,803萬人。

另外，根據厚生勞動省的調查，日本合計醫院8,199所、診所104,538所、牙科診所68,028所、藥局60,171所，其中包括醫生327,210人、牙科醫生104,908人、藥劑師311,289人、護士1,272,024人、保健醫生64,819人、助產醫生40,632人。

參保人使用公共醫療保險看病時，醫療保險通常以以下的流程實施發放：

1. 參保人向醫療保險業者按期繳納醫療保險金；
2. 參保人前往醫院、診所等保險醫療機構接受診療服務，並向該醫療機構支付自行承擔的醫療費用比率的部分；
3. 保險醫療機構向審查支付機關（即社會保險診療報酬支付基金國民健康保險團體委員會）提交診療費用報銷申請，並提供診療費用賬單；
4. 審查支付機關審查診療費用賬單後，將賬單提供予醫療保險業者；
5. 醫療保險業者向審查支付機關支付賬單金額；
6. 審查支付機關將診療費用報銷，支付予保險醫療機構。

從2022年10月1日開始施行，日本各年齡層須自行承擔的醫療費用比率如下：

年齡層	自行承擔的醫療費用比率
6歲以下（入學義務教育前）	20%
6歲以上至70歲以下	30%
70歲以上至75歲以下的一般收入群體等	20%
75歲以上的一般收入群體	10%
75歲以上的較高收入群體	20%
70歲以上的未退休且有收入群體	30%

備註：上述「一般收入群體」、「較高收入群體」及「未退休且有收入群體」以各類醫療保險的保險業者規定的實際定義為準。